Již od začátku své existence oba národní parky Thayatal a Podyjí vzájemně koordinují své postupy v koordinovaných plánech péče. Aktuální plán stanovuje následující ústřední body k dalšímu zintenzivňování spolupráce a vystupování jako společná chráněná oblast evropského významu.
Základem dobré spolupráce je komunikace mezi zaměstnankyněmi a zaměstnanci obou správ národních parků. Proto si rakouští a čeští zaměstnanci jednou ročně vymění svá místa. Několik dní vždy pracují v jiné správě a ponoří se více do vnitřních postupů a procesů sousedů. Kromě toho nový plán péče plánuje zaměstnanecké dny, při kterých se potkají všichni pracovníci obou správ a mohou si vzájemně vyměňovat zkušenosti. Kooperativní výměnu doplňují možnosti dalšího jazykového vzdělání a pověřené osoby, které jsou za přeshraniční komunikaci odpovědné.
Základním předpokladem úspěchu péče o přírodní prostor je výměna vědeckých údajů a společná koncepce ochranářských opatření. Proto se právě nyní pracuje na realizaci společné výzkumné strategie. Pro tuto mají být vytvořeny jednotné standardy a metody výzkumu, také stávající údaje budou propojeny a shromážděny v interní databance, která bude přístupná oběma národním parkům.
Pro další zlepšení přírodního prostoru se oba národní parky koordinují zejména v likvidaci invazivních druhů a při snižování negativního vlivu elektrárny ve Vranově na ekologii řeky. Za tímto účelem byly například na Dyji zřízeny dvě přeshraniční trdliště, plánována standardizace pravidel rybářství a existují i plány na zlepšení situace štěrku v Dyji.
Rozmanité aktivity a servis návštěvníkům stále více přibližují vždy ten druhý národní park. Patří k nim společné akce, dvě nové turistické okruhy umožňující poznávání obou břehů Dyje a také dvojjazyčné značení a turistické informace. Kromě toho je nadále posilována spolupráce s partnerskými školami, která má stále více získávat mezinárodní charakter. Pro to dochází k intenzivní výměně informací s přeshraničními parky Bayerischer Wald/Šumava und Sächsische/Böhmische Schweiz (Česko.Saské Švýcarsko).
