Schon seit Anbeginn ihres Bestehens stimmen die beiden Nationalparks Thayatal und Podyjí ihr Vorgehen in koordinierten Managementplänen miteinander ab. Der aktuelle Plan sieht folgende zentrale Punkte vor, um die Zusammenarbeit weiter zu intensivieren und als gemeinsames Schutzgebiet von europäischer Bedeutung aufzutreten.
Das Um und Auf für eine gute Zusammenarbeit ist die Kommunikation zwischen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern der beiden Nationalparkverwaltungen. Deshalb tauschen einmal im Jahr österreichische und tschechische Mitarbeiter ihre Arbeitsplätze. Über mehrere Tage arbeiten sie in der jeweils anderen Verwaltung und tauchen so in die internen Prozesse und Abläufe des Nachbarn tiefer ein. Außerdem sieht der neue Managementplan Mitarbeitertage vor, bei denen sich die ganze Belegschaft beider Verwaltungen treffen und austauschen kann. Sprachliche Weiterbildungsmöglichkeiten und Beauftragte, die explizit für die grenzüberschreitende Kommunikation zuständig sind, runden den kooperativen Austausch ab.
Für den Erfolg des Naturraummanagements sind der Austausch wissenschaftlicher Daten und eine gemeinsame Konzeption von Schutzmaßnahmen Grundvoraussetzung. Daher arbeitet man gerade an der Umsetzung einer gemeinsamen Forschungsstrategie. Für diese soll es einheitliche Standards und Erhebungsmethoden geben, auch werden bestehende Daten vernetzt und in einer internen Datenbank, die beiden Nationalparks zugänglich ist, gesammelt.
Um den Naturraum weiter zu verbessern, koordinieren sich die beiden Nationalparks insbesondere bei der Bekämpfung invasiver Arten und bei der Reduktion der negativen Einflüsse des Kraftwerks Vranov auf die Gewässerökologie. Dafür wurden zum Beispiel zwei grenzüberschreitende Laichplätze an der Thaya angelegt, es sind Vereinheitlichungen bei den Fischereiregelungen geplant und es gibt Pläne für eine Verbesserung der Schottersituation in der Thaya.
Vielfältige Aktivitäten und Services bringen den Besuchern den jeweils anderen Nationalpark immer näher. Dazu zählen zusätzliche gemeinsame Veranstaltungen, zwei neue Rundwanderwege, welche Entdeckungen auf beiden Seiten der Thaya ermöglichen sowie zweisprachige Beschilderungen und Besucherinformationen. Außerdem wird die Zusammenarbeit mit den Partnerschulen, die einen internationaleren Charakter bekommen soll, weiter gestärkt. Dafür steht man im Austausch mit den grenzüberschreitenden Nationalparks Bayerischer Wald/Šumava und Sächsische/Böhmische Schweiz.
